Γενική Συνέλευση
Αποτελείται από δέκα (10) μέχρι είκοσι (20) εκπροσώπους κάθε Οργάνωσης μέλους, ανάλογα αν η συγκεκριμένη Οργάνωση μέλος έχει εγγεγραμμένα μέλη της άτομα με αναπηρία κάτω από χίλια (1000) ή πάνω από χίλια (1000), αντίστοιχα. Προεδρεύεται από τον Πρόεδρο της Συνομοσπονδίας που είναι και ο Πρόεδρος της Εκτελεστικής Επιτροπής. Λαμβάνει αποφάσεις γενικής πολιτικής που δεσμεύουν και καθοδηγούν τα υπόλοιπα διοικητικά όργανα κατά τη διάρκεια της τριετούς θητείας τους.
Κεντρικό Διοικητικό Συμβούλιο (ΚΔΣ)
Το ΚΔΣ συντίθεται από τους εκπροσώπους των Οργανώσεων μελών της Συνομοσπονδίας, που υποδεικνύονται από τις ίδιες και εγκαθίστανται μέσα στους πρώτους τρεις μήνες κάθε τρίτου χρόνου για τριετή θητεία. Στα πλαίσια της πραγματικής έννοιας της Συνομοσπονδίας κάθε Οργάνωση μέλος ορίζει τρεις (3) μέχρι τέσσερις (4) εκπροσώπους της, ανάλογα αν έχει εγγεγραμμένα άτομα μέλη με τη συγκεκριμένη αναπηρία κάτω ή πάνω από χίλια (1000) ως μέλη του ΚΔΣ. Στη συνέχεια το Σύνολο των μελών του ΚΔΣ συνέρχεται στη πρώτη συνεδρία του κατά την οποία καταρτίζεται σε Σώμα. Εκλέγονται Πρόεδρος, δυο Αντιπρόεδροι, Γενικός Γραμματέας, Ταμίας καθώς και οποιοιδήποτε άλλοι αξιωματούχοι κρίνονται αναγκαίοι. Το ΚΔΣ διοικεί τη Συνομοσπονδία και λαμβάνει και εκτελεί αποφάσεις στα πλαίσια των σκοπών και της αποστολής της.
Εκπρόσωποι-Μέλη Κεντρικού Διοικητικού Συμβουλίου της Κυπριακής Συνομοσπονδίας Οργανώσεων Αναπήρων (ΚΥΣΟΑ)
Εκτελεστική Επιτροπή
Εκπρόσωποι της Παγκύπριας Οργάνωσης Αποκατάστασης Αναπήρων (ΠΟΑΑ)
Εκπρόσωποι της Παγκύπριας Οργάνωσης Τυφλών (ΠΟΤ)
Εκπρόσωποι του Συνδέσμου Ρευματοπαθών Κύπρου (ΣύΡεΚ)
Εκπρόσωποι του Παγκύπριου Συνδέσμου Γονέων Ατόμων με Νοητική Αναπηρία (ΠΑΣΥΓΟΑΝΑ)
Εκπρόσωποι του Παγκύπριου Συνδέσμου Πολλαπλής Σκλήρυνσης (ΠΣΠΣ)
Εκπρόσωποι του Συνδέσμου Μυοπαθών Κύπρου (ΣΜΚ)
Εκπρόσωποι της Ομοσπονδίας Κωφών Κύπρου (ΟΚΚ)
Εκπρόσωποι του Παγκύπριου Ομίλου ΕΛΠΙΔΟΦΟΡΟΣ
Εκπρόσωποι Παγκύπριου Συνδέσμου Σύνδρομο Ντάουν
Εκπρόσωποι Παγκύπριου Συνδέσμου για Άτομα με Αυτισμό:
Εκπρόσωποι Συνδέσμου ΔΕΠ-Υ Κύπρου: